維新三傑の一人として明治維新を主導した長州藩士・木戸孝允(桂小五郎、1833-1877)を祭神とする神社。孝允は明治10年(1877年)、病により東京で没するにあたり、故郷山口・糸米村にある木戸家の旧宅と山林を村へ寄付し、その収益を村民の学資に充てるよう遺言した。長男木戸正二郎は遺言に従ってこれを糸米村へ寄付し、孝允の遺徳に感じた村民が旧宅の地に祠を建てた。明治19年(1886年)に「木戸公恩徳碑」が建立されたのを機に、この祠を中心として木戸神社が創建された。額束を三つもつ珍しい鳥居があり、境内には約百本の吉野桜が植えられて山口市の桜の名所として親しまれている。