日蓮正宗は日蓮宗から分かれた宗派で、静岡県富士宮市の総本山大石寺を中心に厳格な法華教義を守る。日蓮宗が多様な本尊を認めるのに対し、日蓮正宗は日蓮大聖人が刻んだ大御本尊(本門戒壇大御本尊)への信仰を至上とし、南無妙法蓮華経の題目修行を骨格とする。妙因寺が位置する東陽は、戦後に開発が進んだ江東区の商業・住宅地区で、地下鉄東西線東陽町駅の開業(1967年)以降に人口が増加した。「妙因」の寺号は法華経の妙なる因縁を示す。信者は厳格な日常勤行と総本山への参詣を通じて信仰を深め、地域の日蓮正宗信徒の拠点として機能している。