782年（延暦元年）、勝道上人が日光山を開山した際に創建したと伝わる、日光山内最古の社の一つ。当初は日光信仰における上宮・中宮・下宮の三社体制の中宮として位置づけられ、祭神に味耜高彦根命を祀り、山岳霊場としての日光の信仰的核心を担っていた。中世には日光山が修験道・仏教と習合しながら隆盛し、本宮神社もその宗教的体系の中に組み込まれていたとされる。近世、江戸幕府が1617年（元和3年）に東照宮を造営し日光を徳川家の聖地として整備するなかで、日光山全体の社寺構造が再編された。この過程で本宮神社は二荒山神社の末社として位置づけられ、現在に至る。明治の神仏分離令（1868年）以降、仏教的要素が切り離され…