延徳元年(1489年)、細川政元(1466–1507年)が龍安寺境内に創建した。細川政元は父・細川勝元(龍安寺創建者)の意志を継ぎ、龍安寺の塔頭として本院から独立した禅院を営んだ。細川政元は後に「半将軍」と称されるほどの権勢を持ち、明応の政変(1493年)で将軍足利義材を廃するなど戦国前夜の権力政治を主導した人物。西源院はその菩提所的役割も担った。慶長11年(1606年)建立の方丈は龍安寺境内に現存しており、重要な建築遺構として評価されている。名物の湯豆腐は室町時代からの精進食の伝統に基づくもので、現代でも参拝者が境内で頂くことができる。