江戸時代初期、徳川家康に仕えた朱子学者・林羅山（1583-1657）により朱子学が幕府の官学として定着した。羅山は京都五山の相国寺で学んだ後、22歳で藤原惺窩の推薦により家康に謁見（1605年）、以後四代の将軍（家康・秀忠・家光・家綱）に仕えた。1630年には上野忍岡に家塾を開き、これが後の昌平坂学問所（1797年・現湯島聖堂）の起源となる。朱子学の「大義名分論」（君臣の別・上下の秩序）は幕藩体制を正当化するイデオロギーとして重用され、羅山は武家諸法度（1615年）・禁中並公家諸法度（1615年）の起草にも参画。以後、林家は代々大学頭として幕府儒官の地位を世襲した。羅山の学統は山崎闇斎（垂加神道）・木下順庵（新井白石・雨森芳洲の師）を経て、江戸思想界の主流を形成。「三網五常」の倫理は武士階級のみならず庶民道徳にも深く浸透し、近代以降の日本人の道徳観の基盤となった。