中京区新町通蛸薬師下る百足屋町に位置する真宗大谷派の寺院。山号は慈雲山。本山は東本願寺（真宗本廟）。新町通は平安京以来の南北大路のひとつで、蛸薬師通との交差点南の百足屋町界隈は西陣・四条室町の問屋街に近い旧市街地の一角。「瑞蓮（ずいれん）」は瑞祥なる蓮を意味し、阿弥陀如来の極楽浄土が蓮の花に象徴されることに由来する院名で、浄土真宗の信仰の核心を名に体現する。地域の浄土真宗信徒の念仏道場・菩提寺として信仰を継いできた寺院。

瑞蓮寺は真宗大谷派（浄土真宗東本願寺系）の末寺として、中京区新町通百足屋町の地に創立された。山号「慈雲山」は阿弥陀如来の慈悲が雲のように衆生を覆うことを表し、院名「瑞蓮」は極楽浄土の蓮华台を象徴する。浄土真宗は親鸞聖人（1173〜1262年）を宗祖とし、阿弥陀如来の本願への信心（信心正因）と念仏（称名報恩）を根本とする宗派。東本願寺（真宗本廟）を本山とする真宗大谷派は、17世紀に教如上人が西本願寺と分立して成立した流れを継ぐ。新町通に連なる中京区の末寺群のひとつとして、地域住民の念仏信仰と先祖供養の場を長く担ってきた。