どちらも親鸞が開いた浄土真宗の本山ですが、慶長7年（1602年）に徳川家康が顕如の長男・教如に別の寺地を与えたことで分立しました。西本願寺は「浄土真宗本願寺派」（通称お西さん）、東本願寺は「真宗大谷派」（通称お東さん）として独立した組織を持っています。世界遺産に登録されているのは西本願寺のみです。
浄土真宗では「御朱印」の文化がないため、西本願寺では御朱印を授与していません。代わりに「参拝記念スタンプ」が用意されています。御朱印帳をお持ちの場合でも、西本願寺では記念スタンプのみとなりますのでご注意ください。
境内の参拝は無料です。開門時間は早朝5時半で、午前6時から晨朝勤行が営まれます。閉門時間や特別拝観の料金は季節・行事によって異なるため、最新情報は公式サイトでご確認ください。
元亀元年（1570年）から天正8年（1580年）まで10年間にわたって続いた、織田信長と第11世住持・顕如率いる本願寺教団との抗争です。信長は大坂に位置した石山本願寺の退去を求め、顕如は各地の一向一揆と連携して抵抗しました。最終的に天皇の調停を経て講和が成立し、本願寺は大坂を退去しました。この合戦は宗教勢力と世俗権力の衝突の象徴として、日本史の重要事件のひとつとなっています。
飛雲閣は通常非公開です。年に数回、特別公開が行われることがあるため、参拝前に西本願寺の公式サイトで公開スケジュールを確認することをおすすめします。