水琴窟は、地中に逆さに埋めた瓶などの空洞へ水滴を落とし、底に溜まった水面に滴が当たる音が共鳴して地上へ琴のように響いてくる、日本庭園の音響装置です。別名「洞水門（どうすいもん）」とも呼ばれます。心城院の水琴窟では、柄杓で水を注ぐと澄んだ琴の音が聞こえます。
備え付けの柄杓で水をすくい、石の中央に静かに注ぎます。音が小さいため、境内が静かな時間帯に耳を澄ませるのがコツです。竹筒が用意されていれば耳に当てると、より鮮明に響きを聴くことができます。
江戸時代の文献に「水琴窟（洞水門）は小堀遠州より始まりし事也」との記述がありますが、これは伝承であり確実な定説ではありません。発明を断定する一次史料は確認されておらず、「遠州が考案したと伝わる」というのが正確な表現です。
東京都文京区湯島3-32-4。東京メトロ千代田線「湯島」駅から徒歩約2分で到着できます。湯島天満宮のすぐ近くにあるため、あわせての参拝が便利です。
境内に湧く「柳の井」は、江戸時代に江戸名水の一つとして知られた湧水です。この湧水の名から寺の別名「柳井堂（りゅうせいどう）」が生まれました。現在も境内で見ることができます。