天応元年(781年)、和気清麻呂が神護国祚真言寺(神願寺)を創建したのが本寺の起源とされる。同じ頃、高雄山寺も建立され、天長元年(824年)にこの二寺が合併して神護寺が成立した。9世紀初頭、弘法大師空海が14年間にわたって当寺に住持し、真言密教の教義を体系的に広めたことは日本仏教史上きわめて重要な出来事とされる。平安時代には隆盛を誇ったが、中世には度重なる兵火や政情の不安により荒廃の時期を経た。文覚上人が後白河法皇・源頼朝の援助を得て12世紀後半に寺観を復興したと伝わる。近世には豊臣・徳川政権の保護も受けつつ高野山真言宗の遺迹本山として法灯を継承した。近代以降も国宝の薬師如来立像や神護寺三像な…