奈良時代、この地に法輪寺が建立されたと伝わる。平安時代には藤原緒嗣の山荘が置かれ、その後荒廃したとされる。鎌倉時代の建保6年(1218年)、宋に渡って禅・律・天台・真言を修めた月輪大師俊芿が、泉が湧き出たことから現在の寺名にちなむ伽藍を整備し、真言密教の根本道場として中興した。嘉禎4年(1238年)に四条天皇の皇后の陵墓が営まれて以降、歴代天皇・皇后の御陵が境内に集中することとなり、皇室の菩提寺「御寺(みてら)」として篤く崇敬された。南北朝・室町期の兵乱により堂宇は損傷を受けたが、江戸時代に入ると徳川幕府および後水尾天皇をはじめとする朝廷の援助により大規模な修復・再建が行われ、寛永年間(162…