上京区寺町通広小路上る北之辺町に位置する浄土宗の寺院で、浄土宗大本山・清浄華院の塔頭のひとつ。「良樹」は仏教で「善因善果」の喩えに用いられる「良き樹（良い根を張った木）は良い果実を実らせる」という概念に由来し、念仏修行の功徳が善い縁を生むという浄土宗の信仰観を院名に体現している。清浄華院の大殿裏手に現存する3塔頭（無量寿院・龍泉院・良樹院）のひとつ。

良樹院は浄土宗大本山・清浄華院の大殿（本堂）裏手に現存する3坊のひとつ。清浄華院は浄土宗七大本山のひとつで、知恩院・百万遍知恩寺・金戒光明寺とともに「京都四ヶ本山」を構成し、京都における浄土宗念仏信仰の中核をなす大寺院である。 「良樹院」の院名は、仏教の倫理観における「善因善果」の樹の比喩に基づいている。仏教では「良い樹は良い実を結ぶ」という比喩が道徳的精進・正しい修行の効果を語るのに用いられており、念仏の功徳によって往生の善縁を積むという浄土宗の信仰実践を象徴している。清浄華院の3塔頭は、それぞれが固有の信仰的意味を持ちながら、清浄華院の法要・葬祭・信徒への奉仕を担い続けている。