弘仁10年(819年)、空海(弘法大師)が飯盛山で修行中、天女から仏舎利を授けられ五鈷に納めた翌朝、青い蓮の花が一面に咲き乱れたという霊験縁起に由来して「青蓮寺」と号し、弘法大師を本尊として開山した。
寺はその後衰微し、室町時代の長禄年中(1457〜1460年頃)に善海によって再興された。戦国期の動乱を経て、天正19年(1591年)には徳川家康が関東入国の翌年に相模国各地の寺社へ御朱印状を発給した際、青蓮寺にも寺領25石が安堵された。家康の御朱印状によって格式が保証され、江戸時代には関東の真言宗檀林(学問所)の一つに数えられ、相模国内に30以上の末寺を擁する大寺として栄えた。
幕末の天保4…