下京区新開町に位置する浄土宗系の寺院。佛光寺（真宗仏光寺派本山）の東隣に位置し、阿弥陀仏を本尊として念仏信仰を伝える。下京の町衆の日常的な信仰の場として機能してきた小規模な寺院で、門前に立てば佛光寺の大伽藍と対照的な静かな佇まいが印象的。

創建年代は不詳。佛光寺が天正14年（1586年）に豊臣秀吉の命で現在地に移転して以降、周辺には複数の寺院が集まり、下京の寺町的な環境が形成された。正運寺もこの時期前後に草創されたとみられ、以来佛光寺と隣り合って地域の念仏信仰を支えてきた。