善長寺は永正年間(1504〜1520年)に忍想上人によって綾小路室町善長寺町に創建されたと伝わる。「善長寺町」の地名はこの寺の旧所在地に由来し、現在も下京区に「善長寺町」の町名が残る。
天正19年(1591年)、豊臣秀吉が京都の都市改造の一環として寺町整備を行った際、善長寺も現在の新京極(蛸薬師下る)へ移転した。江戸時代に入ると、当寺は徳川家康が上洛の際に必ず逗留する定宿となり、徳川幕府の権力と京都の町衆・宗教界との結びつきを体現する場となった。
江戸期の洛陽四十八願所整備(寛文年間、1661〜1673年頃)にあたり、第三十五番「立江地蔵」の札所に指定された。ご本尊の地蔵菩薩は「くさがみさ…