鶴岡八幡宮（鎌倉）の御朱印は「八幡大菩薩」の墨書と鶴の印が特徴で、鎌倉観光の定番スポットとして多くの参拝者が訪れる。浅草寺の御朱印は「大悲殿」の墨書で知られ、東京下町の歴史の重さを感じさせる。
明治神宮の御朱印は菊の御紋が入った端正なデザインで、初詣シーズンは長蛇の列ができる。八坂神社（京都）は祇園祭期間中の限定御朱印が特に人気で、祭りの喧騒の中で頂く御朱印は特別な記念になる。
奈良には世界遺産の寺院が集中しており、興福寺・東大寺・法隆寺の御朱印巡りは1〜2日で行える人気コースだ。いずれも1,000年以上の歴史を持ち、墨書から漂う重厚な文化財の気配が御朱印をより一層意義深いものにする。
高野山奥之院の御朱印は弘法大師（空海）ゆかりの霊場として特別な意味を持つ。明治神宮から法隆寺、高野山まで、日本各地の霊場を繋いだ御朱印帳は、巡礼の歴史そのものの記録になる。