天正19年（1591年）、豊臣秀吉は本願寺11世・顕如に現在の堀川六条の地を寄進し、天満から最後の移座を果たさせた。石山合戦の敗北後、紀州鷺森・和泉貝塚・天満と流転を重ねてきた顕如にとって、京都の地で新たな本山を構えることは悲願であった。顕如は移座の翌年、天正20年（1592年）に50歳で入寂。この寄進地こそ、現在も続く西本願寺の礎となった。顕如の生涯最後の大事業であり、石山退去から11年を経てようやく本願寺教団は恒久の本拠を得たのである。

承元元年（1207年）、師・法然とともに念仏弾圧（承元の法難）に遭い越後に流罪となった親鸞は、赦免後も関東で20年以上布教を続けた。帰洛後の弘長2年（1262年）に90歳で入寂。曾孫の覚信尼が大谷の地に廟堂を建立し、これが本願寺の起源となった。親鸞の教えは「悪人正機」「他力本願」に集約され、在家の凡夫こそ阿弥陀仏の救済の対象であると説いた。現在、浄土真宗は日本最大の仏教宗派で、本願寺派（西本願寺）だけで約10,500の末寺を擁する。

天正14年（1586年）、秀吉が現在地を本願寺に寄進し、壮大な伽藍の造営が始まった。唐門・飛雲閣などは秀吉の命で移築・建立された桃山文化の精華で、秀吉が浄土真宗を保護したことで西本願寺は全国的な教線拡大の拠点となった。